据国内知名篮球记者陈月泽消息，周琦与新疆方面达成共识，双方将就续约问题的年限与薪资进行商谈。

陈月泽在微博上写道：“周琦的归属问题尘埃落定。1、CBA公司官方裁定，新疆方面拥有周琦的优先续约权。2、周琦和新疆队方面达成了共识，双方在未来将就续约问题的年限和薪资进行商谈。3、新疆队方面一直希望周琦能够回归，继续为新疆队效力。4、周琦之前与辽宁队的确有过签约，但这份合同将无法生效。”

据CBA注册管理办法规定，俱乐部与第一年进入CBA的球员有权签下一份4+2的合约，只有4+2的合约履行完毕之后，俱乐部才不再享有该运动员的优先注册权或独家签约权。周琦在新疆队履行了4年合同，但并未履行+2。按照注册管理办法，新疆队依然享有周琦的优先注册权。

2016-17赛季，周琦为新疆男篮效力，在出战的44场比赛中，场均可以贡献16分10篮板1.2助攻1抢断2.3盖帽。当赛季，周琦帮助新疆男篮获得队史总冠军。